执业医师资格证书编码由24（27）位数字组成，其中，第1－4位是取得医师资格证书年度代码，第5－6位是省、自治区、直辖市代码，第7位是执业医师级别代码，第8－9位是执业医师类别代码，第10－24位（27位）是居民或公民身份证代码。

此外，执业医师执业证书和执业医师资格证书容易混淆，其编码由15位数字组成。其中，第1位是执业医师级别代码，第2－3位是执业类别代码，第4－5位是省、自治区、直辖市代码，第6－7位是市代码，第8－9位是县代码，第10－15位是证书流水码。