中科大和南大的天体物理专业，当然是中科大的更好。

首先，中科大和南大的天体物理专业在教育部第4次学科评估中都被评为A+。但中科大的学校是无论是实力还是培养质量以及在国内外的知名度，都要比南京大学更好。也就是说两个学校天体物理的学科排名一样，但中科大的学校排名要高于南京大学。