我认为还是内蒙古民族大学医学院好。

首先就学校整体实力而言内蒙古民族大学在全国820所本科高校600强排名330，包头医学院在600名之外没有排名资格。其次，内蒙古民族大学医学院有硕士学位授予权，很多老师是硕士生导师，科研实力更强一些。再次，内蒙古民族大学有两家大型三甲医院，学生实践的机会更多一些。但是内蒙古民族大学所在的通辽市比包头落后一些

内蒙古民族大学前身之一是内蒙古蒙医药学院，学校有附属医院，可以提供实习和少数就业机会，医学院的实验室条件在学校里算非常好的，而且有很多研究项目，教授都比较有水平。包头的情况我就不太了解了（我是内蒙古民族大学的）