1、联次不同，增值税专用发票有3联，增值税普通发票则分，1联、2联、5联等等。

2、发票使用人不同，增值税专用发票一般只能由增值税一般纳税人领购使用，普通发票由从事经营活动并办理了税务登记的各种纳税人使用。

3、作用不同，增值税专用发票可以抵扣进项税，增值税普通发票除特殊情况外，不能抵扣进项税额。