《国家税务总局关于发布〈企业资产损失所得税税前扣除管理办法〉的公告》（国家税务总局公告2011年第25号）第二十八条规定，存货被盗损失为其计税成本扣除保险理赔以及责任人赔偿后的余额，应依据以下证据材料确认：

1。存货计税成本的确定依据。

2。向公安机关的报案记录。

3。涉及责任人和保险公司赔偿的，应有赔偿情况说明等。因此，上述公司如果能在企业所得税年度汇算清缴期内如实提供上述资料，企业实际发生的存货被盗损失，可以在实际发生且会计上已作损失处理的年度申报扣除。