主体结构净高少了五公分，这个是比较头痛的问题，因为按照建筑工程验收规范以及建筑工程交房的交付标准的相关规定，建筑物的层高是不能超过两公分的，也就说偏差不能超过两分公分，比如说你买了一栋楼，它的建筑层高进港是2m9的话，你最低的高度必须要达到2m88以上，少了五公分，你只有找开发商进行协商处理，补偿一定的费用。