当然有区别。

菏泽医专是大学专科学校，学制是三年，而医学院是大学本科，学制是五年。医学专科学校毕业后还要经过专升本专业考试合格录取后再读两年才能升为本科。再则从基础上学校的基本教学条件，师资水平以及实验室，图书馆等硬件条件也达不到医学院的水准。

菏泽医专毕业是属于大专学历，里面也有3+2制的专科本科连读专业，医学院里面有五年制本科或者七年制研究生，同时也可能有专科专业。