真核生物启动子有三类，分别由RNA 聚合酶Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ进行转录。

类别Ⅰ（class Ⅰ）启动子：

核心启动子（core promoter

）：位于转录起点附近，从-45至+20；

RNA 聚合酶Ⅰ对其转录需要2种因子参与：

UBF1：一条M 为97000的多肽链，结合在上述两部分的富含GC 区；

真核生物三类启动子

在基因或操纵子的终末往往具有特殊的终止顺序,它可使转录终止和RNA聚合酶从DNA链上脱落.

例如大肠杆菌色氨酸操纵子后尾含有40bp的GC丰富区,其后紧跟AT丰富区,这就是转录终止子的结构.

终止子有强、弱之分,强终止子含有反向重复顺序,可形成茎环结构,其后面为polyT结构,这样的终止子无需终止蛋白参与即可以使转录终止.

而弱终止子尽管也有反向重复序列,但无polyT结构,需要有终止蛋白参与才能使转录终止.

典型转录终止子的特征：茎环结构,富含GC；含4个以上的U.

原核生物启动子序列包括：

CAP序列,增强聚合酶的结合和转录的起始序列（-70~-40）；

识别区（-35）；

解旋区（-10）；

转录起始位（+1）

真核生物启动子：

启动子（promoter）：

真核基因启动子是在基因转录起始位点（+ 1）及其5’

上游近端大约100~200bp以内（或下游100bp）的一组具有独立功能的DNA序列,每个元件长度约为7~20bp,是决定RNA聚合酶转录起始和转录频率的关键元件.

启动子包括：

A.核心启动子（core promoter）：

是指足以使RNA聚合酶Ⅱ转录正常起始所必需的、最少的DNA序列.其中包括转录起始位点或起始子（initiator）（+1）：

一般是A或G及转录起始位点上游-25/-30bp处富含TA的典型元件TATA框.

.上游启动子元件(upstream promoter element,UPE)：

包括通常-70bp附近的CAAT框：GGCCAATCT和GC框：GGGCGG等,能通过TFⅡ-D复合物调节转录起始的频率,提高转录效率.