通过追踪y染色体，可以确定父系血缘关系，也就是说可以鉴定出哪些人源于一个共同的男性祖先，由于y染色体仅存在于男性，追踪y染色体仅仅适用于男性。

细胞内线粒体含有dna，线粒体来源于母亲，于是追踪线粒体基因可以确定母系，但是，线粒体内基因数目很少，而且稳定性较y染色体更差，所以难度较大。现代亲缘关系鉴定中，往往两种方法结合使用。