大慈寺和文殊院都是北京市著名的佛教寺院，它们之间的主要区别包括以下几点：

1. 历史悠久度：大慈寺的历史可以追溯到公元六世纪，是一座有着1400多年历史的佛教古刹，而文殊院则相对年轻，始建于较晚的明朝。

2. 信仰对象：大慈寺的主尊为观音菩萨，是中国佛教的主要信仰对象之一；而文殊院的主要信仰对象则为文殊菩萨。

3. 寺院建筑：大慈寺的建筑风格以唐代佛教建筑为主，建筑结构简洁大方，曾多次毁于战火和自然灾害，现在已经重建；而文殊院则以明清风格为主，寺庙建筑布局严谨，气势宏伟。

4. 影响力：大慈寺在佛教界的影响力非常大，是全国重点寺院之一，每年吸引大量香客和游客前来参拜；而文殊院则相对小众一些，但也是北京市重要的古迹之一，吸引了一批佛教信徒和文化爱好者。