水利水电系统高校有26所，共11所普通本科院校，15所职业专科院校，以教育部直属的河海大学为最高学府，是双一流大学，另设有河海大学常州校区，前身是水利电力部直属的常州电力机械厂机械职工大学。

黄河水利职业技术学院、安徽水利水电职业技术学院和广东水利电力职业技术学院3校为双高计划建设职业院校。