9月1日开学南昌三中是江西省首批优秀重点中学、江西省德育示范学校，是联合国教科文组织中国教育学术交流中心挂牌学校、教育部现代教育技术实验学校、全国中学语文教研基地、全国中小学优秀网站学校、江西省现代教育技术示范学校。

1958--1965年连续八年取得全市的“红旗学校”称号（“红旗学校”称号全市每年仅授予一所中学，授予活动自1958年始1965年终）。

2011及2012年里，学校又获得“江西省五四红旗团校”、“全国集体五一劳动奖章”和“江西最具社会责任感教育机构”等荣誉。学校在京领新国际所发布的2019年中国国际学校竞争力排行榜中，美国方向位于第213名2023年6月，教育部公布首批全国健康学校建设单位名单，南昌市第三中学入选。