药店的行业主管部门是现在的市场监管部门，即市场监督管理局，在2018年全国机构改革后由原来的食品药品监督管理局，质量技术监督管理局，工商行政管理局合并组成。

具体承担原有三个部门全部职能，以及原物价局的价格监督检查职能和知识产权监管职能。药店现在由于审批放宽条件了，准入门槛较低，所以越来越多的够条件的企业开设药店，不过也会随着市场竞争加剧而出现动态的开设和关闭。

各地的食品药品监管部门。最近全国地市及以下政府都在机构改革，改革后食品药品监管、工商、质量技术监督三机构合并组建为市场监督管理部门。改革到位后，药店管理由该机构负责。