事业单位综合评价应该从以下几个方面进行评估：机构设置与人员配备、业务能力与水平、管理制度与效率、服务质量与效果、社会责任与形象等。

评价应以客观、公正、科学的原则为基础，充分考虑各项指标的权重和实际情况，综合评价单位的整体表现。同时，应注重激励和引导作用，以提高单位的绩效和服务水平，更好地满足社会需求。