身份不同：边防派出的偏制属于武警，是现役军人；普通派出所的人员属于国家公务员系列。

经费不同：边防派出所经费来源于军费；而普通派出所的经费来原于地方财政。执行的任务不同：前者反偷渡、走私为主要任务，确保边防安全；后者主要维持地方治区。

边防派出所跟普通派出所的区别，管理模式，编制不同，任务不同。管理模式上的不同，即边境派出所归县级边境管理大队管理，而普通派出所归派出机关管理，即公安分局。