2018年11月中国科学院官网显示，全院共拥有12个分院、100多家科研院所、3所大学（中国科学院大学、中国科学技术大学，与上海市共建上海科技大学）、130多个国家级重点实验室和工程中心、210多个野外观测台站，承担20余项国家重大科技基础设施的建设与运行，正式职工7.1万余人，在学研究生6.4万余人

在我国有4所大学属于中国科学院直属，他们在全国乃至全球的排名都不错，其中一所甚至在很多排名中仅次于清北，全国第三。

有两所:中国科学院大学和中国科学技术大学。