中医诊所院内制剂的申请流程一般如下：准备材料：准备好申请所需的材料，包括申请表、中医诊所执业许可证、中医师执业证书、药品生产许可证等。

咨询相关部门：咨询当地卫生健康委员会或药品监管部门，了解具体的申请要求和流程。填写申请表：填写院内制剂申请表，包括申请人信息、制剂名称、配方和制剂工艺等。提交申请材料：将填写完整的申请表及相关材料提交给当地卫生健康委员会或药品监管部门。审核和评估：相关部门会对申请材料进行审核和评估，包括制剂的安全性、有效性和质量控制等方面。现场检查：相关部门可能会进行现场检查，核实中医诊所的设施、设备和人员情况。批准和颁发许可证：如果申请通过审核，相关部门会批准并颁发中医诊所院内制剂的许可证。

中医诊所中医制剂备案申请需要根据当地相关规定进行操作，一般的流程如下：

1. 登录国家食品药品监督管理局网站，下载《中药制剂备案申请表》和相关材料要求。

2. 准备申请材料，包括《中药制剂备案申请表》、申请人的有关资格证明、申请人的身份证明、中药制剂相关的技术资料和质量控制文件等。

3. 将申请材料提交至当地药品监督管理局，并按要求进行缴费。

4. 药品监督管理局会进行审核，审批通过后会颁发备案证书，并将备案信息公示。

5. 中药制剂备案成功后，制剂可以在指定的药店等单位销售。

请注意，具体申请流程和要求可能因地区而异，建议申请人在申请前仔细阅读相关规定并按照要求进行操作。