福建中医药大学开设的专业有：康复治疗学（闽台合作）、护理学、公共事业管理(设卫生管理、医事法律、健康保险等3个特色教学模块)、针灸推拿学、药学、临床医学、中医学(5+3一体化）等。

有公共事业管理、信息管理与信息系统、食品科学与工程、制药工程、护理学、临床医学、中西医临床医学、药学、药物制剂、中药学、中医骨伤科学、中医学、针灸推拿学等专业。