顺式异构体：两个相同原子或基团在双键同一侧的为顺式异构体。

反式异构体：两个相同原子或基团分别在双键两侧的为反式异构体。顺反命名法命名存在一个缺陷：若双键上两个碳原子上连有四个完全不同的原子或基团，就无法命名，因此国际规定了标准的Z-E命名法。但Z-E异构命名法不适用于因脂环引起的顺反异构的命名，这是因为脂环中的任一个碳原子已经连有两个相同的原子（碳原子），不存在连接四个完全不同基团的可能性。两个碳原子上没有全连有四个相同的原子或基团的顺反异构体，既可以用Z-E命名法，也可以用顺反异构命名法。但需要注意的是，顺反异构体的命名与Z-E构型的命名不是完全相同的。这是两种不同的命名法，故顺式不一定就是Z型，反式不一定就是E型。

顺式反式区别主要看DNA

顺式：cis-acting，同一染色体上的DNA序列直接调控其他邻近基因的表达。即DNA对DNA。

反式：trans-acting，DNA通过其产物（mRNA或蛋白质）间接调节基因的表达。用以描述基因元件的专有名词，如阻遏物基因与转录因子基因，它们可以影响位于不同染色体上的其他基因。这些反式作用基因通过产生能远距离作用的可扩散物质发挥功能。即DNA----Pr----DNA。