主要区别是，性质不同、功能不同、职能责任不同，具体如下：

一、性质不同1、水利局水利局是政府的水行政主管部门，主要搞水利工程建设管理，防汛抗旱，水资源管理，给排水，工程建设，河湖治理保护等。

2、水文站是按测验项目分为观测水位、流量或兼测其他项目的水文站。

二、功能不同1、水利局防汛抗旱，水资源管理，给排水等。

2、水文站提供探索基本水文规律的资料，满足水资源评价、水文计算、水文情报、水文预报和水文科学研究的需要。

三、职能责任不同1、水利局在职责区域内，负责开发、利用、节约、保护、管理水资源防治水害等的管理。

2、水文站是观测及搜集河流、湖泊、水库等水体的水文、气象资料的基层水文机构。水文站观测的水文要素包括水位、流速、流向、波浪、含沙量、水温、冰情、地下水、水质等；气象要素包括降水量、蒸发量、气温、湿度、气压和风等。