专升本档案里不会有团员证。

团员证是团组织发给团员个人的，由团员个人保管，不会装入档案。装入专升本档案里的团员材料主要是入团志愿书，它是团员身份的最有效证明，入团志愿书是会装入个人档案的，包括专升本档案，以证明其入过团。