福建船政交通职业学院有很多专业，每个专业都有其优点和特色，不能简单地给出一个“最好”的答案。

不过，根据福建船政交通职业学院的官方介绍，该学院的交通运输类、机械类、管理类专业颇受学生欢迎，其中包括交通运输管理、船舶与海洋工程、物流管理、航海技术、物流工程技术等专业。