泉州海关是副厅级海关，隶属于正厅级的中华人民共和国厦门海关。

2010年4月，中编办正式批复泉州地区的泉州、石狮、肖厝三个海关合并，成立副厅级泉州海关，并隶属于厦门海关。下一步泉州海关将尽快启动驻刺桐办事处、驻晋江办事处、驻石狮办事处和驻肖厝办事处四个驻外处级机构的设立。莆田海关是正处级海关，隶属于正厅级的中华人民共和国福州海关。