二者的区别主要：对内使用者的级别不一样；对外使用者享受的权利不一样。

公务护照一般使用者的级别比较高，在外面时可能可以享受外交豁免权；而因公普通护照一般公务员和事业单位，大型国企的员工因工作原因出国时人事部门发的，在国外没有任何特权。