环境工程专业最好的学校是清华大学、大连理工大学、哈尔滨工业大学、同济大学、浙江大学、湖南大学、西安建筑科技大学，这几所学校都有环境工程国家重点二级学科。

然后是南京大学、河海大学、昆明理工大学，这几所学校有环境工程国家重点二级学科（培育）。