珠海海关和深圳海关都是海关总署属下的直属海关，他们都有效地履行了国家赋予的把关服务职责。

两地海关的区别是各自管辖的关区范围不同，珠海海关主要管辖的关区是珠海经济特区和中山市，深圳海关主要管辖的关区是深圳经济特区和惠州市。