(1)原核生物mRNA往往是多顺反子，即每分子mRNA带有几种蛋白质的遗传信息(来自几个结构基因)。

在编码区的序列之间有间隔序列，间隔序列中含有核糖体识别、结合部位。在5'-端和3'-端也有非编码区。

（2）mRNA5'-端无帽子结构，3'-端一般无多聚A尾巴。

（3）mRNA一般没有修饰碱基，其分子链不被修饰。