蛋白质的三级结构是指在生物化学里，蛋白质的三级结构是指其整体形状，亦称为其折叠，整条肽链中全部氨基酸残基的相对空间位置，即整条肽链的三维空间结构。

三级结构是由一个已经具有了某些a-螺旋和/或b折叠区的多肽链折叠成一个紧密包裹的、几乎成球形的空间结构，或称为天然构象。