预制菜的保鲜方式有很多种，主要有冷冻、冷藏、腌制、烹饪、烘焙、烤烧等。

冷冻是把食物放入冰箱冷冻室，温度维持在零下18℃以下，可以有效保存食物的新鲜度；冷藏是把食物放入冰箱冷藏室，温度维持在零下5℃以下，可以有效保存食物的新鲜度；腌制是把食物浸泡在盐水中，可以有效保存食物的新鲜度；烹饪是把食物烹饪后冷却，可以有效保存食物的新鲜度；烘焙是把食物烘焙后冷却，可以有效保存食物的新鲜度；烤烧是把食物烤烧后冷却，可以有效保存食物的新鲜度。此外，还可以采用包装、脱水等方式来保鲜食物。

预制菜中即食食品一般常温保存即可。但即烹食品和即热食品一般是需要速冻或者冷藏保存,保存温度有特殊规定。一些餐饮单位运输、储存过程中达不到，容易造成变质。

即配食品的保存因为没有行业标准可以参考，在保存条件和保质期的认定上存在无参考性，导致无法保障食品的安全。