山西医科大学汾阳学院是山西医科大学下属的二级学院之一，与公共卫生学院、基础医学院等二级学院是同一级别，但又是相对独立的，但不是三本独立院校。

山西医科大学晋祠学院才是三本院校。山西医科大学汾阳学院开设有本科专业和专科专业，对于本科专业来说，在山西省内，临床医学专业是一本招生，其他专业是二本招生。汾阳学院不在三本批次招生。山西医科大学晋祠学院是一所民办性质的独立学院（三本院校），它自身就是一所院校，与山西医科大学没有隶属关系。总之，山西医科大学汾阳学院与山西医科大学晋祠学院性质不一样，报考山西医科大学不会落入三本批次！