属于农学类专业农业微生物学与农业生产实践密切相关，因而是在农业生产发展的推动下，综合了土壤微生物学、植物病理学、兽医微生物学（见医学微生物学）、植物病毒学（见植物病毒）、肥料微生物学、饲料微生物学（见饲料微生物）、食品微生物学以及生物防治等学科而建立并发展起来的。

当前，它还没有一个严格的学科界限。