有后人，有五个子女。

阿莱达是格瓦拉与第二任妻子生下的第一个女儿，她长得最像格瓦拉，可是对于父亲，她的印象并不深刻，因为1965年时她才仅仅4岁，而且在那之后她就没有见过自己的父亲。长大之后她成为一名儿科医生，曾在拉美各地救助患病儿童，专注于帮助贫困儿童缓解病痛的折磨。卡米洛是格瓦拉的长子。他曾留学苏联，后来成为古巴的渔业部长。不过在政坛的时间很短暂，之后他退出政坛，就按照自己的爱好成为了摄影家。他也在格瓦拉研究中心工作，并且曾于2011年来到中国参加艺术展。