申请流程如下：考生首先登录系统，通过考籍和转免考管理模块中的免考功能提交免考申请。

提交申请后，考生需要向县（区）考办提交相关材料，包括准考证、身份证、毕业证书和完整成绩表的原件及复印件。县（区）考办会收集考生的材料，并打印《办理免考手续凭证》交给考生。之后，县（区）考办会将考生的材料统一集中报送到市考办。市考办会验核考生的材料，并在复印件上签署意见并加盖公章。然后，市考办会将原件交回给县（区）考办，由县（区）考办退还给考生。同时，市考办会打印《免考审核表》与复印件材料一并上报到省考办。省考办会进行最后的审核，考生可以通过系统查询审核结果。请注意，如果考生申请免考的课程与原已有成绩的课程存在课程顶替关系，则无需办理免考手续。另外，具体的免考条件和所需材料可能因实际情况而有所不同，建议考生在申请前仔细查阅重庆自考的相关规定和要求，以确保申请的顺利进行。同时，关注重庆自考官网或相关通知，及时了解最新的免考政策和流程变化。