医疗机构执业许可证变更后，正本是需要更新的。

根据《医疗机构管理条例》第二十条，医疗机构改变名称、场所、主要负责人、诊疗科目、床位，必须向原登记机关办理变更登记。这意味着，如果医疗机构在这些方面发生了变化，就需要向原登记机关申请变更登记，相应的执业许可证正本也需要进行更新。在办理医疗机构执业许可证变更时，需要填写《医疗机构校验申请书》，如果涉及到换证，还需同时填写《医疗机构执业许可证有效期延续申请书》。还需要提交《医疗机构执业许可证》正、副本及副本复印件一份。此外，根据所变更的不同内容，还需要提交不同的材料，例如，如果涉及到医疗废弃物处置方面的变更，就需要提交医疗废弃物处置协议书复印件。以上信息仅供参考，如有需要，建议您咨询相关工作人员。