化学十字交叉法的原理是：在减数分裂过程中，染色体上的同源染色体上的相应位点的两条染色体发生物理上的交换，使得二者的基因序列中相应的基因座（位点）发生了互换，从而形成了新的基因组合。

这种互换现象促进了基因的多样性，并增加了遗传信息的可塑性。化学十字交叉法的频率是一定的，它受到基因座之间距离的影响。距离越近的基因座，发生互换的概率越小，反之则越大。