陕西省水利建设管理局机关内设办公室、计划处、财务处、项目管理处、质量管理处等5个处室，人员编制40名。

下属单位陕西省三和工程公司、陕西省水利工程建设监理有限责任公司、陕西诚信达工程建设交易咨询有限责任公司、陕西江河水利工程交易中心、局机关后勤服务中心等五个公司（中心）。