事业单位年终考核不合格可以向单位主要负责人申辩。

对主管部门或者其他有关部门作出的复核决定不服提出的申诉，由同级事业单位人事综合管理部门管辖；对乡镇党委和人民政府作出的复核决定不服提出的申诉，由县级事业单位人事综合管理部门管辖。处理申诉，应当坚持合法、公正、公平、及时的原则，依照规定的权限、条件和程序进行。 提出申诉，应当以事实为依据，不得捏造事实，诬告、陷害他人。复核、申诉、再申诉期间不停止人事处理的执行。不因申请复核或者提出申诉、再申诉而被加重处理。