专项方案和施工方案的主要区别是专项方案比施工方案危险性更大，更为重要。

专项方案是针对危险性较大的分部分项工程编制，而施工方案是针对项目施工过程中的具体施工环节或工序编制的。理由如下:依据建设工程危险性较大的分部分项工程管理办法，对于危险性较大的分部分项工程，施工前应当编制专项施工方案。