它们都只有一种意思。

穷尽是名词，意思是尽头。

如：科学的发展是没有穷尽的。

例句

每一个日子往后退去，人就长大成年，冬天的夜虽然很长，总不会把梦做到穷尽了。

层叠是动词，意思是层层叠合。如：山峦层叠。

例句：远处是层层叠叠、连绵起伏的山峦，一山淡，一山浓，如一幅优美的山水画似的。