水利工程建设项目一般由政府主管部门或专业建设单位组织施工。

具体来说，由水利部门或水利工程设计院等专业建设单位负责方案设计、工程规划、建设招标、施工监理和完成验收等工作。施工则由承包商或施工队负责。