如果是在同一个单位是没有差别的。

在职研究生和全日制研究生如果都是在同一个单位工作的话，那么研究生学历都是被承认的，所以说在待遇上不会有明显的差别，在职研究生虽然说他们的证书相对来说含金量比较低，但事实上这也是研究生的一种证明，也不能说完全否定。

在职研究生毕业后和全日制研究生待遇会有点区别，一般在职研究生是已经在单位上班的，有些还可能是有一定的职务，没有职务的需要单位承认其学历，有职务的可能本身就比研究生毕业待遇要高，而全日制研究生毕业的待遇是根据相关规定确定的。