你好：毕业证是由本人保存的，不需要存档的。

你本科学习的档案材料：如果是正规院校毕业的，学校会把你在学校的入学登记表、学习成绩单、毕业鉴定等学习情况资料装入档案的，如果是函授的，请把函授学校给你的档案材料装入档案即可。怎么装入？带上这些材料，去当地的政府的退伍军人安置办或者民政局的安置科，说明情况就可以放入当里的。