不一样。

自考是不是同一门课程要看课程代码，两门课的课程代码英语二是非英语专业本科的公共课，可以用大学英语四级或者PETS-3代替；综合英语二是非英语专业大专毕业生报考英语本科的加考课程，可以用大学英语六级或者PETS-4代替。