建造师培训机构的归口管理由教育部门主导，同时兼顾人力资源社会保障部门的监管。

具体而言，教育部门负责制定建造师相关教育培训标准和教学大纲，并对各培训机构进行审批和监督；人力资源社会保障部门则负责审核和批准培训机构的招生计划和招生资格。