安徽中医药大学第一附属医院在中医治疗方面要远远优越于安徽医科大学第一附属医院，安徽省中医院依托于安徽中医药大学，在近年来的全国中医院中跻身前30名，中医实力雄厚。

而安徽医科大学第一附属医院在西医治疗方面在全省和全国都是比较不错的。二者不可一概而论，看你选择什么样的治疗方式。个人觉得，安徽中医药大学第一附属医院(安徽省中医院)总体服务态度和人文素养要高于安徽医科大学第一附属医院。