制药工程专业的学生毕业以后可以从事药品生产的研发，科技开发，应用研究，经营管理以及相关的执法，监督，管理等工作。

毕业生可以在大型的企事业单位，从事化学合成药物，中药的生产过程的设计，工艺革新及新药研制与开发方面的工作，也可以在公安，海关，边检。食品药品监督管理等部门从事相应的执法工作。