两个学校区别在于，南通大学是公办学校，南通大学杏林学院是民办学校。

一个是一本，一个是二本。一个主管部门是江苏省政府，学生享受财政拨款一年学费才几千，一个主管部门是江苏省教育厅，办学成本全从学费里面出，一年学费一万肯定不止。

2. 两个学校校名都不一样，校名体现在毕业证，学位证，成绩单，四六级证书等等。

南通大学杏林学院是民办性质的独立学院，和南通大学完全是两回事，毕业证完全不一样

这个问题要具体看，首先南通大学是一所综合性的大学，其中有很多的学院，比如说，有南通医学院，南通师范学院，南通美术学院，还有杏林学院等等，所以南通大学与杏林学院是从属关系，杏林学院是南通大学下属的一个学院，也是非常出名的学院