吕光在位后期年老倦政，执政失当，听信谗言，杀害沮渠罗仇等忠臣，致使人心思变，反叛四起。

病重之时，册立太子吕绍为天王，自号“太上皇帝”。龙飞四年（399年），去世，享年六十二岁，谥号懿武，庙号太祖，安葬于高陵。