模板变性温度是决定PCR反应中双链DNA解链的温度。

达不到变性温度就不会产生单链DNA模板， PCR也就不会启动。变性温度低则变性不完全。 DNA双链会很快复性。退火温度与时间。退火温度决定PCR特异性与产量。温度高特异性强、但过高则引物不能与模板牢固结合。 DNA扩增效率下降，温度低产量高，但过低可造成引物与模板错配。循环次数。可根据模板DNA的量、扩增片段的大小和扩增产物的下步应用等因素、设定20-40个循环。

变性的温度和目的基因的氢键的多少有关系。复性的温度与引物有关系。