1、校区位置不同：沈阳音乐学院大连校区位于辽宁省大连市，而本部校区位于辽宁省沈阳市。

2、院系设置不同：沈阳音乐学院大连校区主要设有声乐系、钢琴系、管弦系、音乐教育系、民乐系、舞蹈系等，而本部校区设有作曲系、管线系、民族器乐系、钢琴系、声乐歌剧系、音乐学、民族声乐系等。